Erste H1N1-Simulation mit Nvidia Tesla-GPUs


Erschienen: 12.11.2011, 20:30 Uhr, Quelle: Nvidia PR – 10.11.2011, Autor: Patrick von Brunn

Ein GPU-Supercomputer ermöglicht chinesischen Forschern die weltweit erste Simulation des kompletten H1N1-Virus. Die Wissenschaftler haben einen entscheidenden Durchbruch bei der Influenza-Bekämpfung durch Verwendung von Tesla-GPUs erzielt, mit denen die Computersimulation eines gesamten H1N1-Influenzavirus auf Atom-Ebene realisiert wurde.

Forscher am Institute of Process Engineering of Chinese Academy of Sciences (CAS-IPE) nutzen molekular-dynamische Simulationen zur Untersuchung der Atom-Strukturen des H1N1-Virus. Unter Verwendung des GPU-beschleunigten Supercomputers Mole-8.5, der mehr als 2.200 Tesla-GPUs von Nvidia enthält, war es den Forschern gelungen, den gesamten H1N1-Influenzavirus zu simulieren, und damit aktuelle theoretische und experimentelle Erkenntnisse zum Virus zu überprüfen. Die Untersuchung von Bakterien und Viren in Labor-Experimenten ist schwierig, da Reaktionen oft zu schnell erfolgen und damit schwer zu erfassen sind. Und Computersimulationen dieser Prozesse waren bisher außer Reichweite von Supercomputern: aufgrund der Komplexität, Milliarden von Partikeln unter den richtigen Umgebungsbedingungen zu simulieren.

Das CAS-IPE-Forscherteam hat den Durchbruch bei der Simulation durch die Entwicklung einer molekular-dynamischen Simulationsapplikation erzielt, die die Vorteile der GPU-Beschleunigung nutzt. Die Applikation läuft auf dem GPU-Supercomputer Mole-8.5, der aus 288 Server-Nodes besteht.

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