Nativ bedeutet, dass der Grafikchip speziell für den PCIe Bus entwickelt wurde und auf dem nativ, also ohne Umwege läuft. Anders als Karten (wie zb.: die 7800GS Serie für den AGP Steckplatz) wo ein extra Wandlerchip (sg. Bridge Chip) zwischengeschaltet ist, der das Signal umwandelt. (Rialto bei ATI und HSI bei NVidia)
Dies führt zwar nciht umbedingt zu allzu großen Geschwindigkeitseinbußen, jedoch zu erheblich höheren Kosten, da das PCB (die Platine) eigens dafür ausgelegt werden muss. Das sich das dann im Endkundenpreis niederschlägt, versteht sich 
lg, fb