Computer-basierte Anwendungen und Simulationen in der Molekulardynamik und Biochemie sind extrem zeitaufwändig. Mit dem Launch der neuen Software-Version Amber 11 und auf Basis von Nvidia-GPUs können diese Prozesse nun erheblich beschleunigt werden. AMBER zählt zu den wichtigsten Applikationen in der Biochemie und Molekulardynamik. Die neue Version Amber 11 ist jetzt für den Einsatz mit GPUs optimiert worden. Im Vergleich zu einer traditionellen CPU-basierten Server-Lösung kann damit die Anwendung um bis zu 100-fach beschleunigt werden. GPUs bieten dabei auf einer Desktop-Workstation die Performance, die früher nur durch einen Supercomputer bereitgestellt werden konnte.
Dr. Ross Walker, Research-Professor am San Diego Supercomputer Center an der Universität von Kalifornien, betont: "Die Supercomputing-Ressourcen, die uns zur Verfügung stehen, sind begrenzt. Oft müssen wir mehrere Tage warten, bis wir eine Simulation durchführen können, was unsere Forschungsprojekte um Wochen verzögert. Mit der GPU-Lösung können wir jetzt das Meiste unserer täglichen Arbeit in einer Desktop-Umgebung durchführen und das ändert natürlich alles."
